通过发酵生产L-赖氨酸的方法-无效决定


发明创造名称:通过发酵生产L-赖氨酸的方法
外观设计名称:
决定号:16489
决定日:2011-04-12
委内编号:4W02237,4W02421
优先权日:
申请(专利)号:94194962.1
申请日:1994-11-28
复审请求人:
无效请求人:长春大合生物技术开发有限公司
授权公告日:2003-10-22
审定公告日:
专利权人:味之素株式会社
主审员:
合议组组长:李金光
参审员:吴通义
国际分类号:C12N 15/52,C12N 1/21,C12P 13/08
外观设计分类号:
法律依据:专利法第26条第3;4款,专利法实施细则第20条第1款
决定要点:权利要求书应当以说明书为依据,是指权利要求书应当得到说明书的支持。权利要求书中的每一项权利要求所要求保护的技术方案应当是所属技术领域的技术人员能够从说明书中公开的内容得到或者概括得出的技术方案,并且不得超出说明书公开的范围。如果权利要求的概括包含申请人推测的内容,而其效果又难于预先确定和评价,应当认为这种概括超出了说明书公开的范围,该权利要求得不到说明书的支持。反之,则该权利要求得到了说明书的支持。
全文:
一、案由
本专利权无效宣告请求案涉及国家知识产权局于2003年10月22日公告授予的、名称为“通过发酵生产L-赖氨酸的方法”的第94194962.1号发明专利权(下称本专利),其申请日为1994年11月28日,优先权日为1993年12月8日,专利权人为味之素株式会社。本专利授权公告的权利要求书如下:
“1、一种编码来自对L-赖氨酸反馈抑制具有脱敏突变的埃希氏杆菌的二氢吡啶二羧酸合成酶的DNA,其中突变选自下面一组突变:用缬氨酸残基取代81位丙氨酸残基的突变,用酪氨酸残基取代118位组氨酸残基的突变,以及用缬氨酸残基取代81位丙氨酸残基和用酪氨酸残基取代118位组氨酸残基的突变,所用编号是从序列表中SEQ?ID?NO:3表示的二氢吡啶二羧酸合成酶氨基酸序列的N-端开始。
2、一种属于埃希氏杆菌属的细菌,通过导入权利要求1限定的DNA至其细胞中被转化。
3、一种生产L-赖氨酸的方法,包括下述步骤:在合适的培养基中培养权利要求2限定的细菌,在其培养物中产生和聚集L―赖9氨酸,并从中收集L―赖氨酸。”
针对上述专利权,长春大合生物技术开发有限公司(下称请求人)于2008年8月22日向专利复审委员会提出专利权无效宣告请求(下称4W02237无效宣告请求案),认为本专利不符合专利法第26条第3、4款以及专利法实施细则第20条第1款的规定。具体理由为:(1)本专利权利要求2没有用结构特征来限定要求保护的产品,而只限定了制备该产品的方法所涉及的一个步骤,因此权利要求2以及引用权利要求2的权利要求3的保护范围不清楚,不符合专利法实施细则第20条第1款的规定。(2)本专利涉及三种突变菌株,其中含有二氢吡啶二羧酸合成酶(DDPS)的氨基酸序列第118位氨基酸突变的突变株的保藏日在本专利的优先权日后,而其余两种菌株则未进行保藏。可见,本专利涉及公众不能得到的生物材料,但是专利权人却未按照专利法实施细则第25条的要求,在本专利的优先权日前将该微生物菌株提交国家知识产权局认可的保藏单位保藏,因此本专利说明书不符合专利法第26条第3款的规定。(3)如上所述,由于本专利的说明书公开不充分,权利要求1得不到说明书的实质支持;此外,权利要求1和2以及引用权利要求2的权利要求3中限定的“埃希氏杆菌”范围过宽,这种概括得不到说明书的支持,因此权利要求1-3不符合专利法第26条第4款的规定。
经形式审查合格后,专利复审委员会受理了上述请求,于2008年8月25日向双方当事人发出《无效宣告请求受理通知书》,并将《专利权无效宣告请求书》及其附件副本转送给专利权人,要求其在指定的期限内答复,同时成立合议组对本无效宣告请求案进行审理。
2008年9月22日,请求人再次提交了意见陈述以及如下的证据1-3:
证据1:公开号为FR-A2511032的专利文献,公开日为1983年2月11日,法文,复印件共9页及中文译文6页。
证据2:Characterization of a Lysine-Insensitive Form of Dihydrodipicolinate Synthase from Maize, Biosynthesis and Molecular Regulation of Amino Acids in Plants, D.C.Bittel等人,第322页―323页,1992年,英文,复印件共1页及中文译文1页。
证据3:Consequences of Lysine Oversynthesis in Pseudomonas Mutants Insensitive to Feedback Inhibition, Monique等人,Eur. J. Biochem, 第80卷,第1期, 1972年,第100页―106页,英文,复印件共7页及中文译文1页。
在该次意见陈述书中,请求人除了陈述无效宣告请求书中的意见外还认为:(1)权利要求1中限定了DDPS编码基因中的三种突变,即81位氨基酸突变、118位氨基酸的突变、以及81位和118位氨基酸的突变,而本专利的说明书尤其是实施例部分,只叙述了含有DDPS的118位突变的菌株的制备和使用,因此权利要求1-3得不到说明书的支持。此外,本专利说明书实施例中的所有实验都仅仅使用了特定的大肠杆菌菌株,普通技术人员无法预测属于埃希氏杆菌的所有细菌都能够作为本发明的宿主细胞使用。即便是大肠杆菌本身而言,如果技术人员得不到转化后的最终菌株,也无法仅仅根据说明书的描述而预先确定其效果。因此权利要求1-3包括了专利权人推测的内容,这种概括超出了说明书公开的范围,不符合专利法第26条第4款的规定。(2)证据1中公开了在大肠杆菌的赖氨酸生产过程中DDPS受到赖氨酸的反馈抑制,本领域技术人员自然会想到通过消除赖氨酸反馈抑制来提高赖氨酸的产量。证据2公开了将玉米的DDPS基因引入到缺乏DDPS的大肠杆菌中,并选择该基因中使DDPS对赖氨酸脱敏的有一个核苷酸改变的突变体,从而提高赖氨酸的产量。因此,本领域技术人员很容易想到将证据1和2结合,寻找大肠杆菌自身对赖氨酸脱敏的DDPS突变体,而找到这样的突变体只需要采用本领域的常规试验手段。权利要求2涉及的将目的DNA转化到宿主微生物中以实现目的DNA表达的技术特征是本领域技术人员的公知常识,而且证据2已公开了用大肠杆菌作为突变体DNA的宿主。权利要求3涉及培养权利要求2的细菌生产L-赖氨酸的方法,其中的方法步骤均为本领域技术人员的公知常识且均已被证据1公开。因此,权利要求1-3相对于证据1和2的结合不具备创造性。证据3中公开了对赖氨酸脱敏的DDPS突变体,本领域技术人员很容易想到将证据1和3结合,通过常规的技术手段而获得权利要求1-3的技术方案,因此权利要求1-3相对于证据1和3的结合也不具备创造性。
专利权人于2008年10月9日针对请求人的无效宣告请求书提交了意见陈述书和以下反证:
反证1:Methods in Enzymology, 第211卷, David M.J. Lilley和James E. Dahlberg主编,1992年出版,封面页、扉页、出版信息页、目录页及第3页―第20页,英文复印件共24页及中文译文2页。
反证2:Site-directed mutagenesis, Paul CARTER, The Biochemical Journal,第237卷,第1期,1986年7月1日,封面页、扉页、目录页,第1-7页,英文复印件共11页及中文译文2页。
反证3:微生物国际保藏证明材料英文4页及其中文译文2页。
专利权人认为:(1)权利要求2清楚地限定了所要求保护的埃希氏杆菌属细菌的结构特征,“通过导入权利要求1限定的DNA至其细胞中被转化”是本领域技术人员描述转化细菌的常规方式,权利要求2及3是清楚的,符合专利法实施细则第20条第1款的规定。(2)权利要求1涉及一种突变的埃希氏杆菌DDPS的DNA,其中指明了在已知的DDPS合成酶DNA基础上的具体突变。本领域技术人员有许多手段来获得该DNA。反证1和2分别描述了DNA化学合成和定位诱变,其中涉及的技术手段均为本领域技术人员已知的,涉及的起始材料是公众可以获得的。因此,权利要求1的技术方案的实现并不依赖于任何特定微生物菌株的保藏,在本发明指出具体的突变位点和方式的基础上,本领域技术人员可以基于公知的方法和可获得的材料实现本发明的技术方案,因此本申请说明书已经充分公开。此外,虽然本发明技术方案的实施不依赖特定微生物的保藏,但保藏方式提供一种实施方式。反证3证明在优先权日之前,专利权人对载有118位突变基因的菌株AJ12395和AJ12396进行了保藏,本领域技术人员可以利用这些保藏细菌回收质粒,定位诱变获取编码第81位突变的DDPS基因。(3)权利要求1涉及一种具有特定序列的DNA,该序列本身已经足以确定该DNA,而且该DNA序列决定了其所编码酶的功能。因此,权利要求1中“埃希氏杆菌属细菌”的表述不会导致权利要求范围过宽的问题。由于属于同一属的微生物在分类学上是相互紧密相关的,因此根据说明书中所公开的技术方案可以预见被权利要求1的DNA转化的与大肠杆菌同属的埃希氏杆菌的细菌可以提高L-赖氨酸的产量。这种可预见性可以进一步得到现有技术文件韩国专利申请公开文件92-8382(参见说明书的第1页背景技术)的支持。因此,请求人关于权利要求1-3得不到说明书支持的理由不成立。
2008年10月14日,专利复审委员会本案合议组将请求人于2008年9月22日提交的意见陈述书及其附件副本转送给专利权人。
2008年10月21日,本案合议组将专利权人于2008年10月9日提交的意见陈述书以及相关附件副本转送给请求人。
2008年11月7日,本案合议组向双方当事人发出口头审理通知书,定于2009年1月15日对本案进行口头审理。
请求人于2008年12月22日提交了意见陈述书和反证3的中文译文更正(复印件共4页)。请求人认为:(1)专利权人声称的保藏日期与事实不符,实际上说明书记载含有118位氨基酸突变的突变株AJ12395的保藏日与反证3是一致的,均为1994年11月1日,在本专利的优先权日之后,不符合专利法实施细则第25条的规定。此外,反证3并不是专利文本的一部分,是未向公众公开的内容,不能用来证明本专利已充分公开。反证1和2也没有记载如何获得本专利的DNA。综上所述,由于上述微生物材料是实施要求保护的技术方案所必需的而又未进行有效的保藏,因此本专利说明书公开不充分。(2)本领域技术人员并不了解其它埃希氏杆菌属细菌与大肠杆菌DDPS在序列、生化性质、受赖氨酸反馈抑制情况的相似程度,而且同一种酶在同一属内的不同种内常常会有序列上的差异,因此从大肠杆菌的DDPS并不能概括到整个“埃希氏杆菌属细菌”。此外,专利权人声称权利要求1涉及一种具有明确序列的DNA,但权利要求1并未限定具体DNA序列,仅仅限定了突变位点。因此权利要求1得不到说明书的支持。
专利权人于2008年12月22日提交了意见陈述书、证据3中文译文更正(共1页)和如下反证(编号续前):
反证4:Direct genetic selection of a maize cDNA for dihydrodipicolinate synthase in an Escherichia coli dapA- auxotroph, David A.Frisch等人,Molecular & General Genetics, 第228卷,第1-2期,1991年8月,封面页、版权页、目录页,第287-293页,英文复印件共10页及中文译文3页。
反证5:ESCHERICHIA COLI AND SALMONELLA TYPHIMURIUM:CELLULAR AND MOLECULAR BIOLOGY,第1卷, Frederick C. Neidhardt主编,American Society for Microbiology出版,封面页、扉页、版权页、目录页,429-444页,英文复印件共20页及中文译文2页。
反证6:Improvement of Escherichia coli Strains Overproducing Lysine Using Recombinant DNA Techniques, European Journal of Applied Microbiol Biotechnol, Brigitte Dauce-Le Reverend等人,第15卷,1982年,第227―231页,英文复印件共5页及中文译文3页。
专利权人除进一步陈述其于2008年10月9日提交的意见陈述的内容外,还认为:(1)权利要求1并不涉及宿主细胞的技术特征,因此请求人关于“不经过实验的验证,普通技术人员根本无法预测属于埃希氏杆菌的所有细菌都能够作为本发明的宿主细胞来使用”的主张与权利要求1是否得到说明书的支持无关。根据说明书内容可知,权利要求中埃希氏杆菌的概括是恰当的。“属”是生物学分类种很低的分类,同一属的微生物具有许多共同的特性。而且现有技术中埃希氏杆菌属的细菌已经用于产生L-赖氨酸,其中的DDPS酶是一个重要的调节位点。说明书已经证实了来源于大肠杆菌的权利要求1的DNA所编码的DDPS酶解除了L-赖氨酸的反馈抑制。因此可以预见被权利要求1的DNA转化的与大肠杆菌同属埃希氏杆菌属的细菌可以提高L-赖氨酸的产量。这种可预见性可以进一步得到现有技术文件韩国专利申请文件92-8382号(见说明书第1页背景技术部分)的支持。该专利申请文件将来源于棒状杆菌属的细菌的DDPS导入埃希氏杆菌属的细菌种,利用该转化细菌生产L-赖氨酸可以解除埃希氏杆菌中的反馈抑制。因此,本领域技术人员没有理由怀疑将来源于埃希氏杆菌的权利要求1的DNA导入同属的埃希氏杆菌中的技术效果。此外,请求人没有举出任何实质性证据来证明除了大肠杆菌之外的埃希氏杆菌不能用作本发明的宿主细胞。权利要求1中提到的三种突变在说明书和其实施例部分均有记载,实施例1获得了分别含有81位突变、118位突变和第81+第118位突变编码的DDPS的dapA基因,它们分别包含在质粒pdapAS8/pdapAS9、pdapAS24和pdapAS824中。另外,实施例1和附图2还证明了三种突变质粒pdapAS8、pdapAS9和pdapAS24表达的DDPS酶是对赖氨酸反馈抑制脱敏的。虽然附图2中没有显示pdapAS824的数据,但本领域技术人员会理解该质粒表达的DDPS酶也是对赖氨酸反馈抑制脱敏的,因为其所含的81和118位两种突变中的每一种都对脱敏有效。因此请求人关于权利要求1-3得不到说明书支持的理由不成立。(2)对于请求人提出的关于本专利权利要求1-3不具备创造性的理由,专利权人认为,首先,证据1中没有关于通过大肠杆菌生产菌的dapA基因突变消除赖氨酸对DDPS酶的反馈抑制来提高赖氨酸产量的教导,相反,证据1教导通过提高野生型dapA基因的表达量可以成功提高赖氨酸的产量,因此本领域技术人员阅读证据1后不会考虑通过dapA基因突变的方式来提高赖氨酸的产量。其次,证据2中只是利用大肠杆菌作为获得突变基因的载体,并没有利用其生产赖氨酸。即使本领域技术人员考虑大肠杆菌的dapA基因突变,证据2中公开的玉米DHPS酶基因与大肠杆菌dapA基因相去甚远,而且也没有指明其中的突变位点。专利权人提供的反证4表明赖氨酸对玉米DHPS的反馈抑制程度与对大肠杆菌DDPS的抑制程度差异巨大,本领域技术人员无法根据证据2公开的内容获得本专利的技术方案。最后,证据3中也没有公开 “二氢二吡啶甲酸”合成酶假单孢菌突变体的具体突变位点,也没有关于对大肠杆菌dapA基因进行突变可提高赖氨酸产量的确切教导。此外反证5和6的内容表明,证据3中所述的使用类似物筛选剂进行突变体筛选的方法并不成功,反证6还教导赖氨酸对DDPS的反馈抑制在大肠杆菌中可以通过增加dapA基因的拷贝数来克服。因此请求人认为本专利权利要求1-3不符合专利法第22条第3款的理由不成立。
2008年12月30日,专利复审委员会分别将双方当事人于2008年12月22日提交的意见陈述及其附件副本转送给对方当事人。
针对4W02237无效宣告请求案的口头审理于2009年1月15日如期进行,双方当事人均参加了口头审理。在口头审理过程中,合议组对请求人提出的无效理由和事实进行了充分调查。口头审理中认定的事实如下:
(1)请求人当庭放弃了关于专利法第22条第3款的无效宣告请求理由,确认其无效宣告请求的理由和范围是:针对权利要求1-3,本专利说明书不符合专利法第26条第3款的规定;权利要求1-3不符合专利法第26条第4款的规定;权利要求2、3不符合专利法实施细则第20条第1款的规定。(2)请求人放弃证据1-3,专利权人放弃反证4-6及其对证据3的译文更正;请求人对于反证1-3的真实性、合法性和关联性均没有异议,并认可反证1、2中文译文的准确性;专利权人认可请求人提交的反证3的中文译文的准确性。(3)合议组当庭告知双方当事人可以在庭审结束后两周内提交针对口头审理调查内容的书面意见,但不接受新的理由和证据。
2009年2月1日,专利权人提交了意见陈述书及反证7(编号续前):大肠杆菌与埃希氏杆菌属其它细菌的DDPS序列比较,复印件1页。专利权人认为:(1)请求人关于“埃希氏杆菌属细菌”因为不同细菌序列之间的差异而得不到说明书的支持的理由超出了举证期限,不应予以审理。就实体而言,请求人这一新的理由也是不能成立的,本专利说明书中已经证实了大肠杆菌DDPS酶81位和118位氨基酸残基突变的技术效果,即消除赖氨酸的反馈抑制。而大肠杆菌是埃希氏杆菌属细菌的典型代表。而且同一属细菌之间的形态、形状和遗传上都有很高的相似性。特别对于参与氨基酸合成的关键酶,从进化理论上相似性更高。因此,虽然权利要求1的DNA并不限于SEQ ID NO:3的序列,但由于同属细菌间这种高相似性,不同细菌DDPS酶的序列将具有很高的同源性。因此本领域技术人员完全可以合理预测,埃希氏杆菌属其它种的细菌也可以实现类似的效果。例如,反证7表明,另一种埃希氏杆菌属细菌E. albertii与大肠杆菌K-12之间DDPS酶序列的相同性为97.3%。而且本专利中需要突变的位点的氨基酸残基完全相同。因此本专利权利要求1-3符合专利法第26条第4款的规定。(2)本专利的微生物不需要保藏,即使需要保藏,本专利中的微生物也已经进行了符合相关法律规定的保藏。因此本专利说明书符合专利法第26条第3款的规定。
针对上述专利权,请求人于2009年1月13日再次向专利复审委员会提出专利权无效宣告请求(下称4W02421无效宣告请求案),认为针对权利要求1-3,本专利说明书不符合专利法第26条第3款的规定,权利要求1不符合专利法实施细则第20条第1款的规定。同时提交了如下证据(编号续前):
证据4:美国贸易委员会的决定,英文,复印件共206页。
证据5:美国专利文献US6040160A,英文,复印件共53页。
请求人认为:(1)本专利权利要求1涉及一种DNA,该DNA编码DDPS合成酶,该酶来自埃希氏杆菌,而该埃希氏杆菌对L-赖氨酸反馈抑制具有脱敏突变,如此限定的主题名称含义不清,造成权利要求1不清楚,不符合专利法实施细则第20条第1款的规定。(2)本专利属于生物技术领域,其结果需要经过实验验证,但证据4中认定专利权人在其证据5的美国专利中所记载的实施例5和6的结果是伪造的,其中涉及的菌株W3110从未被发明人使用过。而上述专利是本专利的同族专利,其中记载的实施例的内容与本专利完全相同,因此,基于虚假实施例的实验结果不可能使本领域技术人员实现本发明,本专利说明书不符合专利法第26条第3款的规定。
经形式审查合格后,专利复审委员会受理了上述请求,于2009年1月14日向双方当事人发出《无效宣告请求受理通知书》,并将《专利权无效宣告请求书》及其附件副本转送给专利权人,要求其在指定的期限内答复,同时成立合议组对本无效宣告请求案进行审理。
请求人于2009年1月23日提交了补充意见陈述以及证据4和5的中文译文(分别为2页和75页)。请求人进一步陈述了如下意见:(1)本专利权利要求1对其要求保护的DNA序列未以任何形式加以具体限定,同时,该权利要求所述DNA突变位点的编号是从序列表中SEQ ID NO:3表示的DDPS合成酶氨基酸序列的N-端开始,本领域技术人员难以理解这一编号的确切含义,因此本专利权利要求1不符合专利法实施细则第20条第1款的规定。(2)证据4表明(参见第63-67页)本专利实施例5和6记载的实验数据是虚构的,同时实施例3和4的结果也涉嫌虚构。此外,本专利权利要求1限定的DDPS合成酶的DNA的突变为81位以缬氨酸残基取代丙氨酸残基,118位以酪氨酸残基取代组氨酸残基,或者两者的组合,并且编号从序列表SEQ ID NO:3表示的二氢吡啶二羧酸合成酶氨基酸序列的N端开始。根据说明书第19页第31-34行的记载,在SEQ ID NO:3所示的野生型dapA基因序列中,pdapAS8和pdapAS9的第487位C变成了T,pdapAS24的第597位的C变成了T,基于该测序结果,说明书推导了DDPS氨基酸序列的变化,认定pdapAS8和pdapAS9编码的DDPS中第81位丙氨酸残基变成了缬氨酸残基,pdapAS24编码的DDPS中第118位组氨酸残基变成了酪氨酸残基,权利要求1中限定的突变位点即为说明书中认定的氨基酸序列上的变化。但是,对照本专利说明书第46页序列表的SEQ ID NO:3可以看出,该核苷酸序列的第487位核苷酸为G,而非C,并且包括第487位核苷酸的三联体密码编码DDPS氨基酸序列的第72位氨基酸残基,而并非说明书所述的第81位氨基酸残基,同样,第579位核苷酸为G而非C ,包括第597为核苷酸的三联体密码编码DDPS氨基酸序列的第109位氨基酸残基,而并非说明书所述的第118位氨基酸残基。综上所述,本专利权利要求1的DNA在说明书中没有具体公开,同时权利要求2和3的技术方案的实施都有赖于权利要求1的DNA。因此以上缺陷导致本领域技术人员无法实现权利要求1-3的技术方案,本专利说明书不符合专利法第26条第3款的规定。(3)由于权利要求1-3要求保护的技术方案在说明书中未被充分公开,因此得不到说明书的支持,不符合专利法第26条第4款的规定。
专利权人于2009年2月27日针对请求人的无效宣告请求书提交了陈述书和以下反证(编号续前):
反证8:美国贸易委员会的终裁决定,英文,复印件共5页及其中文译文共4页。
专利权人认为:(1)由权利要求1的文字以及说明书记载可以清楚地理解权利要求1的保护范围,不会产生任何歧义,该权利要求是清楚的,符合专利法实施细则第20条第1款规定。(2)请求人提供的证据4只是美国国际贸易委员会(ITC)的初步裁定,并不具有法律效力。实际上,美国国际贸易委员会的委员组对上述初步裁定进行了审查,给出了ITC的终裁(参见反证8)。该终裁结果对两个问题“不采取立场(take no position)”,其中之一就是行政法官基于认定所谓虚构数据而认定美国专利6040160专利权利要求15因不符合最佳实施方式的要求而无效。因此关于虚构数据的问题只是请求人在美国ITC诉讼程序中提出的一种主张而已。其次,即使假定证据4中认定的“事实”在本案中成立,其中只是认定证据5美国专利6040160中表7中的结果是虚构的,而表7只与实施例5相关,并没有涉及实施例6。本专利要求的技术方案在说明书中已经充分公开,包括实施例1:突变DDPS基因的制备;实施例3用导入了dapA*和 lysC* 的菌株发酵生产L-氨基酸。因此,即使不考虑实施例5,本专利说明书也已经充分公开了权利要求1-3的技术方案。 此外,由于专利具有地域性和独立性,请求人提供的所谓“美国国际贸易委员会决定”不能作为本案中评价专利有效性的证据。相反,无效请求人负有举证责任来证明相关的实施例无法重复或不能实施,请求人应该从科学理论上或通过实验证据来证明,但请求人并没有提供这样的证据。综上所述,请求人提出的所有无效理由均不成立。
2009年3月4日,专利复审委员会向双方当事人发出转送文件通知书,分别将专利权人于2009年2月27日提交的意见陈述书及其附件以及请求人于2009年1月23日提交的意见陈述书及其附件转送给对方当事人,并要求其在指定的期限内答复。
请求人于2009年4月15日提交了意见陈述书,其中指出:(1)权利要求1的主题名称的文字含义与专利权人所做的解释不一致。按照《审查指南》第二部分第二章3.2.2节的规定,权利要求的保护范围应当根据其所用词语的含义来理解,而不能以说明书的内容对其进行随意解释。(2)本案关键的问题并不是如何认定证据4的法律效力,而是证据4表明了专利权人伪造实施例的事实。请求人提交该裁定文件的目的是证明请求人所主张的事实,这一事实问题与该裁定的法律效力无关。其次,证据4之所以认定表7的信息是虚假的,是因为该表中的数据是从一个虚假的菌株W3110(tyrA)得来的(参见证据4译文第2页第3段),而实施例6的试验也用到该菌株,因此实施例6也是虚构的。因此,虽然证据4是一个法律文件,但请求人无意请求复审委员会承认或认可其判决,请求人的目的仅仅在于证明请求人所主张的事实,即本专利的实施例5和6是虚假的。上述美国国际贸易委员会的决定是基于专利权人自己的实验记录及证人证言认定上述事实,这一事实具有不容置疑的客观性。此外,专利权人认为应该从科学理论上或通过实验证据来证明实施例5无法实施的主张于法无据,所有符合合法性、真实性和关联性要求的证据都可以在无效程序中使用。最后,由于涉及商业机密,美国国际贸易委员会初裁公开版本中没有披露包括专利权人的实验记录及证人证言在内的相关证据,这些证据属于请求人不能自行收集的证据,而专利权人自己应当拥有这些证据。因此请求人依据《审查指南》的有关规定,请专利复审委员会调查收集这些证据,以进一步确认请求人所主张的事实。
专利权人于2009年4月17日提交了意见陈述书以及证据4译文更正共2页。
针对请求人提交的补充意见,专利权人认为:(1)本专利说明书发明内容部分、详细说明部分和实施例部分前后一致地多次公开了权利要求1的技术方案,而且证明了该技术方案的实施和效果。因此说明书符合专利法第26条第3款的规定。(2)本领域技术人员很容易认识到原说明书第19页最后一段记载的单核苷酸突变的位点编号是错误的。本领域技术人员可以直接地、毫无疑义地得出,说明书记载的“第487位”应为“第513位”,“第597位”应为“第623位”,请求人所指出的说明书第19页关于核苷酸位点的编号的明显错误并不会影响权利要求技术方案的实施。权利要求1-3的技术方案在说明书中已经充分公开,能够得到说明书的支持,符合专利法第26条第3款和第4款的规定。
2009年5月15日,本案合议组向双方当事人发出口头审理通知书,定于2009年7月7日对4W02421无效宣告请求案进行口头审理。
2009年6月22日,请求人提交了意见陈述书,其中指出:本专利关于具体突变位点的唯一实验证据为说明书第19页最后一段对核苷酸测序结果的记载,而说明书和权利要求书对于氨基酸突变位点的记载都是根据该结果推导出来的。在原始结果和推导的结果不一致并且原始结果可能有误的情况下,本领域技术人员无法确认推导的结果即说明书和权利要求书中记载的氨基酸突变位点,因此本专利说明书不符合专利法第26条第3款的规定。
针对4W02421无效宣告请求案的口头审理于2009年7月7日如期进行,双方当事人均参加了口头审理。在口头审理过程中,合议组将请求人于2009年6月22日提交的意见陈述书当庭转送给专利权人;请求人当庭提交了用于证明证据4真实性的公证书;专利权人当庭提交了证明反证8真实性的公证书。合议组对请求人提出的无效理由和事实进行了充分调查,双方当事人充分陈述了各自的意见。本次口头审理中认定的事实如下:
(1)请求人确认其无效宣告请求的理由和范围是:依据证据4和5,本专利说明书未充分公开权利要求1-3的技术方案,不符合专利法第26条第3款的规定;权利要求1-3不符合专利法第26条第4款的规定;权利要求1不符合专利法实施细则第20条第1款的规定。(2)专利权人对于证据4、5的真实性、合法性、关联性均无异议,认可证据5的中文译文的准确性。请求人对于反证8的真实性、合法性、关联性均无异议,认可专利权人提交的证据4译文更正和反证8的中文译文的准确性。(3)合议组当庭告知双方当事人可以在庭审结束后一周内提交针对口头审理调查内容的书面意见,但不接受新的理由和证据。
2009年7月14日,请求人提交了意见陈述书。请求人认为:(1)权利要求1对其要求保护的DNA序列未以任何形式加以具体限定,同时限定突变位置编号为从序列表SEQ ID NO:3表示的DDPS氨基酸序列的N-端开始,由于埃希氏杆菌体内具有多种酶和蛋白质,不清楚权利要求1中具体限定的突变位置和突变类型是对何种蛋白质的限定,因此本专利权利要求1不清楚,不符合专利法实施细则第20条第1款的规定。(2)请求人提交证据4的目的并非要求专利复审委员会对其法律效力给予确定,并继而以此裁定所例举的事实及结论作为审理本案的基础,而是以该裁决作为证明专利权人伪造本专利实施例的初步证据。此外,反证8并未否认证据4中虚构数据的事实。因此,本专利说明书中由于实施例5和6存在虚构而导致本专利说明书公开不充分,不符合专利法第26条第3款的规定。
2009年7月14日,专利权人也提交了意见陈述书。专利权人认为:(1)本专利权利要求1中记载的突变显然是指DDPS酶上的突变,而不能理解为其它在权利要求中没有记载的的酶的突变,请求人主张权利要求1不清楚的理由不成立。(2)本领域技术人员公知,由于扩增DNA片段的长度不同,核苷酸序列的编号可以不同,但它们所编码蛋白的氨基酸序列是相同的,而且编号方式是固定的,因此无论核苷酸序列如何编号,某个核苷酸突变所造成的氨基酸的突变是确定的。因此,本发明的DDPS酶的突变氨基酸位点是通过实验确定的,说明书中核苷酸编号的错误记载对其没有影响,本领域技术人员没有理由怀疑突变氨基酸位点的正确性。此外,说明书中已经证明了载有DDPS第81位和/或第118位突变菌株的赖氨酸反馈抑制脱敏的效果。综上所述,本专利说明书符合专利法第26条第3款的规定。(3)在司法程序中,事实的认定是按照审判国的法律进行的,请求人以别国法院的裁定作为证据,要求专利复审委员会承认该裁定中认定的事实,实际上是将别国就事实部分的审理代替本无效程序中的审理,以别国的程序代替中国的无效宣告请求审查程序,剥夺专利权人对证据进行质证的权利。而且反证8表明,ITC最终既没有认定虚构数据的事实,也没有因此认定相应的权利要求无效,因此请求人主张本专利说明书公开不充分的理由不能成立。
至此,合议组认为上述两案事实已经清楚,可以依法作出审查决定。
二、决定的理由
(一)关于审查文本
鉴于在本无效宣告请求案的审理过程中,专利权人未对权利要求书进行修改,本无效宣告请求的审查文本为:本专利授权公告的权利要求1-3、说明书及其附图和摘要。
(二)无效宣告请求的理由、范围和证据
根据请求人在两案中的确认,其请求宣告本专利权无效的理由及其范围是:针对权利要求1-3,本专利说明书不符合专利法第26条第3款的规定;权利要求1不符合专利法实施细则第20条第1款的规定;权利要求1-3不符合专利法第26条第4款的规定。
在针对4W02237无效宣告请求案的口头审理过程中,请求人当庭放弃了证据1-3,专利权人当庭放弃了反证4-6,因此本决定对上述证据不予评述。专利权人在口头审理结束之后还提交了反证7,其中所述的两种埃希氏杆菌属细菌的序列存在一定程度的差异,但本领域技术人员已知,对于基因序列而言,有时即便单个碱基的差异也可能造成功能的巨大区别。而且反证7只能说明所述的两种具体的埃希氏杆菌属细菌的DDPS酶的基因序列,不具有普遍代表性。此外,专利权人提交的反证7为口头审理结束后提交的新证据,且未经过质证,因此本决定对反证7不应予以考虑。请求人对于反证1-3的真实性、合法性和关联性均没有异议,合议组对此予以确认。根据双方当事人的确认,反证1、2的中文译文以专利权人提交的为准,反证3的中文译文以请求人提交的为准。
在4W02421无效宣告请求案中,证据4、5分别为美国贸易委员会决定及其相关美国专利文献,专利权人对于其真实性、合法性和关联性均无异议,合议组在此予以确认。反证8为美国贸易委员会终裁决定,请求人对于反证8的真实性、合法性和关联性均没有异议,合议组对此予以确认。专利权人认可证据5的中文译文的准确性,请求人认可专利权人提交的反证8以及证据4的中文译文的准确性,合议组确认证据5的中文译文以请求人提交的中文译文为准,证据4和反证8的中文译文以专利权人提交的中文译文为准。
(三)关于专利法实施细则第20条第1款
专利法实施细则第20条第1款规定,权利要求书应当说明发明或者实用新型的技术特征,清楚、简要地表述请求保护的范围。
根据该款规定,每项权利要求所确定的保护范围应当清楚。权利要求的保护范围应当根据其所用词语的含义来理解。
在4W02421无效宣告请求案中,请求人认为,本专利权利要求1限定的主题名称含义不清,难以理解,造成权利要求不清楚;此外,对其要求保护的DNA序列未以任何形式加以具体限定,同时,所述DNA突变位点的编号是从序列表中SEQ ID NO:3表示的二氢吡啶二羧酸合成酶氨基酸序列的N-端开始,本领域技术人员难以理解这一编号的确切含义,而且本领域技术人员无法判断所述突变是对何种蛋白质的限定,因此本专利权利要求1不清楚,不符合专利法实施细则第20条第1款有关“权利要求应当清楚”的规定。
对此,合议组认为,本专利权利要求1要求保护的主题是一种编码来自对L-赖氨酸反馈抑制具有脱敏突变的埃希氏杆菌的二氢吡啶二羧酸合成酶的DNA,即编码来自对L―赖氨酸反馈抑制具有脱敏突变的埃希氏杆菌的DDPS的DNA,该主题清楚表明权利要求1请求保护一种DNA产品。同时,权利要求1中具体限定所述DNA编码来自对L―赖氨酸反馈抑制具有脱敏突变的来源于埃希氏杆菌的DDPS,所述突变选自81位、118位以及81位和118位突变,所用编号是从SEQ ID NO:3表示的DDPS氨基酸序列的N-端开始。权利要求1中唯一涉及“编号”的内容是上述突变位点,因此所述编号的确切含义即SEQ ID NO:3的81位、118位以及81位和118位的位点。因此,权利要求1的保护范围是确定的,请求人认为本专利权利要求1不清楚的理由不成立。
在4W02237无效宣告请求案中,请求人认为权利要求2、3保护范围不清楚之处在于权利要求2用方法步骤限定产品。对此,合议组认为:一般情况下产品权利要求应当用结构特征来表征,但并非产品权利要求必须用结构特征来表征,在无法用结构特征或参数特征清楚表征时,也允许用方法特征表征。本专利权利要求2用方法特征清楚限定了其保护范围为在细胞中导入了权利要求1限定的DNA后转化的埃希氏杆菌属细菌,因此请求人认为权利要求2、3保护范围不清楚的理由不成立。
(四)关于专利法第26条第4款
专利法第26条第4款规定:权利要求书应当以说明书为依据,说明要求专利保护的范围。
权利要求书应当以说明书为依据,是指权利要求书应当得到说明书的支持。权利要求书中的每一项权利要求所要求保护的技术方案应当是所属技术领域的技术人员能够从说明书中公开的内容得到或者概括得出的技术方案,并且不得超出说明书公开的范围。如果权利要求的概括包含申请人推测的内容,而其效果又难于预先确定和评价,应当认为这种概括超出了说明书公开的范围,该权利要求得不到说明书的支持。反之,则该权利要求得到了说明书的支持。
(1)关于“埃希氏杆菌属细菌”
在4W02237无效宣告请求案中,请求人主张本专利权利要求1-3得不到说明书支持所依据的理由之一为:本专利实施例中所做的所有实验都仅仅使用了特定的大肠杆菌菌株,本领域技术人员无法预测属于埃希氏杆菌的所有细菌都能够作为本发明的宿主细胞使用;此外,本领域技术人员并不了解其它埃希氏杆菌属细菌与大肠杆菌DDPS在序列、生化性质、受赖氨酸反馈抑制情况的相似程度,同一种酶在同一属内的不同种内常常会有序列上的差异,从大肠杆菌的DDPS并不能概括到整个“埃希氏杆菌属细菌”,因此权利要求1-3中限定的“埃希氏杆菌”范围过宽。得不到说明书的支持。
专利权人认为,现有技术中埃希氏杆菌属的细菌已经用于产生L-赖氨酸,而说明书证实了来源于大肠杆菌的权利要求1的DNA所编码的DDPS酶解除了L-赖氨酸的反馈抑制,因此可以预见被权利要求1的DNA转化的与大肠杆菌同属的埃希氏杆菌属的细菌可以提高L-赖氨酸的产量,这可以由本专利说明书第1页背景技术部分引用的现有技术文件韩国专利申请文件WO92-8382号予以支持,而请求人没有举出任何实质性证据来证明除了大肠杆菌之外的埃希氏杆菌不能用作本发明的宿主细胞;此外,虽然权利要求1的DNA并不限于SEQ ID NO:3的序列,但由于同属细菌间这种高相似性,不同细菌DDPS酶的序列将具有很高的同源性。因此本领域技术人员完全可以合理预测,埃希氏杆菌属其它种的细菌也可以实现类似的效果。因此请求人关于权利要求1-3得不到说明书支持的理由不成立。
对此,合议组认为:(1)本领域技术人员已知,埃希氏杆菌属包括多种不同的菌种,每一菌种又有多种不同的菌株。不同菌种、甚至相同菌种的不同菌株间均具有不同的特性,其中的某些基因序列也存在一定差异,在大肠杆菌中的DDPS序列中特定功能的某种突变在其他埃希氏杆菌属细菌中是否存在或是否表达出来并不清楚。因此,权利要求1中来源于埃希氏杆菌属的其他DDPS基因可能不具备与SEQ ID NO:3相同的序列或者无法表达出与本申请相同的效果,从而无法预期其第118、81位氨基酸发生取代突变后,能够实现所述的对L-赖氨酸反馈抑制具有脱敏突变的功能。(2)虽然本专利利用转基因方式获得了导入特定突变的DDPS的对L赖氨酸反馈抑制脱敏的菌株,例如,实施例1、2分别制备了野生型和突变的大肠杆菌DDPS和AKⅢ基因;实施例3、4用导入了突变的大肠杆菌DDPS基因的菌株和同时导入突变DDPS和AKⅢ的菌株来生产L-赖氨酸,其中采用的菌株均为已知的大肠杆菌菌株B-3996(参见说明书第27页第1行-第29页第17行,表5、6);实施例5用同时含有DDPS和AKⅢ的菌株生产L赖氨酸,实施例6鉴定了L赖氨酸生物合成系统的限速步骤,其中采用的DDPS均为大肠杆菌的基因序列,而宿主均为大肠杆菌W3110(tyrA)。综上所述,本专利实施例中仅记载了用导入含突变大肠杆菌DDPS和/或AKⅢ的质粒的大肠杆菌菌株B-3996和W3110(tyrA),同时验证了采用本专利的方法制备的大肠杆菌B-3996菌株和W3110(tyrA)菌株的生产氨基酸的能力,但并非属于埃希氏杆菌属的任何DDPS序列以及任何菌株在采用本专利的方法进行转化后均可以实现本发明预期的技术效果。现有技术中也没有关于上述菌属的微生物都可以采用转基因方法获得上述功能的记载。综上所述,在本专利说明书实施例中仅使用了特定的DDPS序列以及具体菌株进行了试验并验证其试验效果的情况下,本领域技术人员根据本专利说明书的描述尚不能预见所有属于埃希氏杆菌属都可以通过导入本发明的突变的DDPS而提高其生产L-氨基酸的产量,权利要求1的概括包含了申请人推测的内容,而其效果又难于预先确定和评价,应当认为这种概括超出了说明书公开的范围。(3)本专利说明书背景技术部分虽然提到现有技术中已知一些生产L-赖氨酸的微生物菌株或从此菌株得到的人工突变菌株(参见说明书第1页第8-10行),但是,首先,说明书中并未公开所述菌株的具体名称及来源,本领域技术人员无法根据说明书公开的信息获得所述菌株;其次,这些菌株均是采用现有技术中已知的技术手段进行氨基酸生产的载体,没有证据表明其可以适用本发明的方法且可以达到提高其自身氨基酸产量的目的;再次,即便这些菌株均可以适用于本发明的方法,但本领域技术人员也无法根据有限的菌株概括至所有的埃希氏菌属菌株的范围。说明书第1页背景部分引用的韩国专利文献NO.92-8382将来源于棒状杆菌属的细菌的DDPS导入埃希氏杆菌属的细菌种,利用该转化细菌生产L-赖氨酸可以解除埃希氏杆菌中的反馈抑制,但是这无法说明将本专利的突变DDPS导入所有的埃希氏杆菌属细菌后均可以获得预期的技术效果。请求人可以对权利要求进行概括,获得与说明书公开的内容相适应的保护范围,但仅限于根据说明书充分公开的内容进行合理的概括。综上所述,判断一项权利要求是否得到说明书支持的依据应当是所属技术领域的技术人员能否从说明书中公开的内容得到或者概括得出该权利要求所要求保护的技术方案,并且不得超出说明书公开的范围。因此,本领域技术人员基于其掌握的公知常识以及对现有技术的认识,可以判断权利要求1-3概括的范围超出了说明书公开的范围,其中包含了专利权人推测的内容。因此,专利权人认为本专利权利要求1-3符合专利法第26条第4款规定的理由不成立。
此外,专利权人还认为,请求人关于“埃希氏杆菌属细菌”因为不同细菌序列之间的差异而得不到说明书的支持的理由超出了举证期限,不应予以审理。
对此,合议组认为,专利权人在于2008年10月9日提交的针对无效宣告请求书的意见陈述中指出,权利要求1涉及一种具有特定序列的DNA,该序列本身已经足以确定该DNA,而且该DNA序列决定了其所编码酶的功能。对此,请求人于2008年12月22日提交的意见陈述中进行了有针对性的答复:专利权人声称权利要求1涉及一种具有明确序列的DNA,但权利要求1并未限定具体DNA序列,仅仅限定了突变位点。本领域技术人员并不了解其他埃希氏杆菌属细菌与大肠杆菌在序列、生化性质、受赖氨酸反馈抑制情况的相似程度,因此从大肠杆菌的DDPS不能概括到整个“埃希氏杆菌属细菌”。对上述争议焦点,合议组在口头审理中进行了调查,双方当事人均发表了意见。而且,口头审理结束后,合议组给予专利权人两周的时间针对口头审理的内容补充意见陈述。2009年2月1日,专利权人提交了意见陈述书,其中针对上述问题进一步发表了意见。在口头审理以及口头审理后提交的意见陈述书中,专利权人均认可权利要求1并不仅仅限于序列3的DNA序列。由上述事实可知,请求人于2008年12月22日提交的意见陈述不属于新的理由,应当应予以审理。
(2)关于基因突变的效果
在4W02237无效宣告请求案中,请求人还认为:权利要求1中限定了DDPS编码基因中的三种突变,即81位氨基酸突变、118位氨基酸的突变、以及81位和118位氨基酸的突变,而本专利的说明书实施例只叙述了含有DDPS的118位突变的菌株的制备和使用,因此权利要求1得不到说明书的支持。
对此,合议组认为,本领域技术人员已知,基因突变对基因功能的影响是复杂多变的,一般情况下,不同突变位点以及突变方式对基因特性的影响是无法预知的。即使已知两种突变单独存在时具有预期的技术效果,但是当两种突变同时作用于同一基因时,其组合之后的效果也是无法预知的。本专利说明书中仅公开了DDPS基因单独进行第81位或118位突变并验证了其技术效果的情况下,如果不进行效果验证,本领域技术人员无法判断同时存在这两位点突变时是否可以使DDPS基因对L-赖氨酸反馈抑制脱敏。权利要求书说明了请求人要求保护的范围,说明书公开的意义在于指导所属领域技术人员实施和再现权利要求要求保护的技术方案,而不是在缺少试验证据的情况下,由所属领域技术人员在无法预知的情况下进行验证和筛选。综上所述,权利要求1中涉及用缬氨酸残基取代81位丙氨酸残基和用酪氨酸残基取代118位组氨酸残基的突变的技术方案超出了说明书公开的范围,不符合专利法第26条第4款的规定。
专利权人认为:虽然附图2中没有显示pdapAS824的数据,但本领域技术人员会理解该质粒表达的DDPS酶也是对赖氨酸反馈抑制脱敏的,因为其所含的81和118位两种突变中的每一种都对脱敏有效。对此,合议组认为,本领域技术人员已知,作为蛋白质一级结构的氨基酸序列是其空间结构的基础,而蛋白质的空间结构又是其功能的基础,因此,当所述的81和118位两种突变组合在一起时,导致蛋白质空间结构发生的变化以及这种变化对于蛋白质功能的影响都是难以预期的。在不经实验验证的情况下,本领域技术人员无法预期其必定也具有使DDPS对赖氨酸反馈抑制脱敏的技术效果。因此,虽然权利要求1采用了功能性限定“对L―赖氨酸反馈抑制具有脱敏突变”,但是对于核酸序列来说,其是否具有某种功能是需要可信的实验证据证实的,因此专利权人的意见不具备说服力。
综上所述,本专利权利要求1―3的技术方案不符合专利法第26条第4款有关权利要求应当得到说明书支持的规定,应被宣告无效。因此,对于上述二案中请求提出的其他无效宣告请求理由不再予以评述。
基于以上事实和理由,本案合议组作出如下审查决定。
三、决定
宣告第94194962.1号发明专利权无效。
当事人对本决定不服的,可以根据专利法第46条第2款的规定,自收到本决定之日起三个月内向北京市第一中级人民法院起诉。根据该款的规定,一方当事人起诉后,另一方当事人应当作为第三人参加诉讼。

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