发明创造名称：用于核酸的高保真组装的组合物和方法
外观设计名称：
决定号：40893
决定日：2019-06-27
委内编号：4W108588
优先权日：
申请（专利）号：201280051873.4
申请日：2012-08-23
复审请求人：
无效请求人：刘宝善
授权公告日：2016-12-07
审定公告日：
专利权人：GEN9股份有限公司
主审员：吴文英
合议组组长：魏聪
参审员：王亦然
国际分类号：C12N15/10,C12N15/66,C12P19/34,C40B50/06,G06F19/10
外观设计分类号：
法律依据：专利法第33条
决定要点：原始申请文件记载的范围包括本领域技术人员依据原说明书和权利要求书明确记载的信息，能够“直接地、毫无疑义地”确定的申请文件客观、准确表达的技术信息集合。如果修改后的技术方案超出了上述技术信息集合，则这种修改超出原说明书和权利要求书记载的范围。
全文：
本专利的专利号为201280051873.4，最早优先权日为2011年08月26日，申请日为2012年08月23日，授权公告日为2016年12月07日。本专利授权公告时的权利要求书如下：
“1. 一种生成有预定序列的靶核酸的方法，所述方法包含：
提供多个钝末端双链核酸片段，所述多个钝末端双链核酸片段中的每个在两个末端上都具有限制性酶识别序列，所述多个钝末端双链核酸片段各自包含位于5’末端和/或3’末端的通用引物结合位点；
通过所述多个钝末端双链核酸片段的酶消化产生多个一起包含所述靶核酸序列的粘性末端双链核酸片段，其中所述多个粘性末端双链核酸片段各自具有两个不同并且非互补的突出端；
在所述突出端对所述多个粘性末端双链核酸片段进行退火，其中设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域；和
用连接酶连接所述多个粘性末端双链核酸片段，从而形成包含具有预定序列的靶核酸。
2. 如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述多个钝末端双链核酸片段产生自固定在固体支持物上的多个单链寡核苷酸。
3. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述多个钝末端双链核酸片段包含：
释放在固体支持物上合成的多个寡核苷酸；和
使用基于聚合酶的反应合成所述多个寡核苷酸的互补链。
4. 如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的基于聚合酶的反应使用与所述通用引物结合位点互补的通用引物。
5. 如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述多个寡核苷酸各自包含所述限制性酶识别序列。
6. 如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述限制性酶识别序列是所述通用引物结合位点的一部分并且位于所述通用引物结合位点的5’或3’末端，或者所述限制性酶识别序列位于所述通用引物结合位点的上游或下游。
7. 如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述通用引物具有亲和标签来促进亲和去除不需要的酶消化产物。
8. 如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述亲和标签是生物素。
9. 如权利要求1或2所述的方法，其中所述多个钝末端双链核酸包含至少3、4、5、6、7、8、10、15或20个不同的钝末端双链核酸片段。
10. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述多个钝末端双链核酸片段各自是至少50、100、200或300个碱基长。
11. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述限制性酶识别序列对于所有钝末端双链核酸片段是相同的。
12. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述多个钝末端双链核酸片段包含可由两种不同限制性酶识别的至少两个不同的限制性酶识别序列，所述两种不同限制性酶选成产生具有相同数量碱基的突出端。
13. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述限制性酶识别序列能够由IIs型限制性酶识别。
14. 如权利要求13所述的方法，其特征在于，所述IIs型限制性酶是BsaI、BsmBI、BspQI、BtgZI、BsmFI、FokI、BbvI、或其任意组合。
15. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，设计所述多个粘性末端双链核酸片段使得在粘性末端双链核酸片段中的粘性末端与相邻粘性末端双链核酸片段中的下一个粘性末端唯一互补。
16. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述突出端是至少3、4、5、6、7或8个碱基长。
17. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述突出端互相差异至少1、2、3或4个碱基。
18. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述突出端是5’或3’突出端。
19. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述方法还包含，在退火步骤之前，纯化所述多个粘性末端双链核酸片段来去除不需要的酶消化产物。
20. 如权利要求19所述的方法，其特征在于，所述不需要的酶消化产物包含低于40、35、30、25、20或15个碱基长的片段。
21. 如权利要求19所述的方法，其特征在于，所述纯化包含二氧化硅差别亲和力、尺寸过滤、用聚乙二醇或十六烷基三乙基溴化铵示差沉淀、或其任意组合。
22. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述连接酶是T3DNA连接酶、T4DNA连接酶、T7DNA连接酶、大肠杆菌DNA连接酶、或其任意组合。
23. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述靶核酸是非天然存在核酸。
24. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述靶核酸是至少500、800、1000、1500、2000或3000个碱基长。
25. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述方法还包含使用对所述靶核酸有特异性的引物对和聚合酶扩增所述靶核酸。
26. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述方法还包含证实所述靶核酸的序列。
27. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述多个钝末端双链核酸片段是从合成的寡核苷酸分级组装的。
28. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述多个核酸片段在单个池中连接。
29. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述多个核酸片段在至少两个池中，第一池的每个核酸片段具有与第二池的核酸片段互补的末端。
30. 如权利要求29所述的方法，其特征在于，所述多个核酸片段是寡核苷酸二聚体。
31. 如权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述方法还包括在连接步骤之前或在连接步骤期间同时使所述经退火的多个粘性末端双链核酸片段经过链延伸反应。
32. 一种用于组装靶核酸的系统，所述系统包含：
用于合成多个起始核酸的固体支持物，其中每个起始核酸还包含工程改造的通用引物结合位点和工程改造的限制性酶识别序列；
用于合成所述多个起始核酸的互补链的聚合酶反应单元，通过基于聚合酶的反应使用与所述通用引物结合位点互补的通用引物，从而产生多个钝端双链核酸片段的；
用于通过所述多个钝末端双链核酸片段的酶消化产生多个粘性末端双链核酸片段的消化单元，其中所述多个粘性末端双链核酸片段各自具有两个不同并且非互补的突出端；以及
用于由连接酶连接所述多个粘性末端双链核酸片段的连接单元，其中第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端与第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补。”
请求人于2019年02月28日向国家知识产权局提出了无效宣告请求，其理由是权利要求1-31不符合专利法第33条和专利法第26条第4款的规定，权利要求1-6、9-20和22-30不符合专利法第22条第3款的规定，请求宣告本专利权利要求1-31无效，同时提交了本专利的公开文本和授权文本，以及如下证据：
证据1：公开号为WO2006044956A1的国际发明专利申请公开文本，公开日为2006年04月27日，英文及部分中文译文（对比文件1）；
证据2：公开号为US20080287320A1的美国发明专利申请公开文本，公开日为2008年11月20日，英文及部分中文译文（对比文件2）；
证据3：公开号为US20090155858A1的美国发明专利申请公开文本，公开日为2009年06月18日，英文及部分中文译文（对比文件3）；
证据4：Waclaw Szybalski等，Class-IIS restriction enzymes- a review, Gene,第100期，1991年，第13-26页，英文及其部分中文译文（对比文件4）。
请求人认为，（1）权利要求1中的“所述多个钝末端双链核酸片段各自包含位于5’末端和/或3’末端的通用引物结合位点”、“在所述突出端对所述多个粘性末端双链核酸片段进行退火”、“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”和“形成包含具有预定序列的靶核酸”在原始说明书和权利要求书中并未记载，也不能由原始说明书及其权利要求记载的内容直接地、毫无疑义地确定，因此所述修改不符合专利法第33条的规定。相应的从属权利要求2-31也不符合专利法第33条的规定。
（2）本领域技术人员公知，酶的种类众多，并不是所有的酶均能够产生粘性末端双链核酸片段。本专利的实施例中仅公开了采用IIS型限制性酶BsaI-HF消化，并达到了预期的效果。本领域技术人员基于本专利说明书公开的内容及现有技术的内容，无法预期除了本专利实施例中公开的BsaI-HF以外，其它所有的酶都能够达到与BsaI-HF酶相同的效果。因此，权利要求1请求保护的技术方案得不到说明书的支持，不符合专利法第26条第4款的规定。在权利要求1的技术方案得不到说明书支持的情况下，其从属权利要求2-12、15-31的技术方案也必然得不到说明书支持，不符合专利法第26条第4款的规定。
（3）本领域技术人员已知限制性酶的种类有多种，一些限制性酶的识别位点即是切割位点，而另一些限制性酶的切割位点与识别位点距离较远。因此本领域技术人员根据说明书和权利要求书的记载，不清楚限制性酶的切割位点与通用引物结合稳点的位置关系。即不清楚切割位点位于通用引物结合位点的内部还是外部，或者切割位点是否与组装序列重叠。本领域技术人员不清楚“设计……以包含”与采用酶消化之间的关联性，将权利要求1中“第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端与第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补”修改为“设计……以包含”导致权利要求1的方案不清楚。其从属权利要求2-31的技术方案也必然不清楚，不符合专利法第26条第4款的规定。
权利要求3中“所述多个钝末端双链核酸片段包含”之后应是对“多个钝末端双链核酸片段”的结构和组成进行限定，即与权利要求3中限定的“释放……互补链”方法步骤特征不对应，因此权利要求3的技术方案不清楚，相应其从属权利要求4-5的技术方案也不清楚，都不符合专利法第26条第4款的规定。
（4）对比文件1公开了一种用于制备具有预定序列的多核苷酸构建体的方法，包括提供构建性寡核苷酸库，所述构建寡核苷酸具有限定多核苷酸构建体序列的部分重叠序列，对于构建性寡核苷酸的至少一个子组来说共同的至少一对引物杂交位点在构建性寡核苷酸的至少一部分的侧翼，然后可以在切割位点处从构建性寡核苷酸中除去引物杂交位点（例如使用限制性核酸内切酶、化学切割等），扩增后，可以将构建性寡核苷酸进行组装，子组件可以用一种或多种限制性核酸内切酶进行消化以产生粘性末端，在通过粘性末端接合子组件后，可以通过连接和/或链延伸形成多核苷酸构建体。对比文件1与权利要求1的区别在于对比文件1未直接公开使用连接酶连接子组件的粘性末端。对此，一是在对比文件1已公开了“通过粘性末端接合子组件”，以形成包含预定序列的多核苷酸构建体的条件下，本领域技术人员基于常识，很容易想到通过连接酶实现上述连接。因此，上述区别特征属于本领域的公知常识；二是该区别特征在对比文件1的另一实施方式（中文译文52页第1-3行）中存在技术启示。退一步讲，即使对比文件1的公开内容与权利要求1的技术方案从表述上还略有不同，但所述差别均在对比文件1中存在技术启示，或者属于本领域的公知常识。例如如果认为对比文件1没有直接公开在所述突出端对所述多个粘性末端双链核酸片段进行退火的步骤；首先，对比文件1中文译文第12页第2段进一步公开了在双螺旋内的其互补序列上退火在一起。也就是说，在对比文件1中存在以下技术启示：在粘性末端连接时，“在所述突出端对所述多个粘性末端双链核酸片段进行退火，设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”。其次，该区别特征在对比文件3中也存在技术启示。因此，基于对比文件1、或者基于对比文件1，进一步结合公知常识，或者基于对比文件1，进一步结合对比文件3，或者基于对比文件1，进一步结合对比文件3和公知常识，权利要求1不符合专利法第22条第3款有关创造性的规定。
从属权利要求2-4、10的附加技术特征属于本领域的常用技术手段，同时也被对比文件1公开；从属权利要求5、6、9、11-20、22-30的附加技术特征被对比文件1或对比文件3或对比文件4和/或属于公知常识，因此权利要求2-6、9-20和22-30也不符合专利法第22条第3款有关创造性的规定。
（5）对比文件2公开了一种用于构建包含多个基本上预定的变体核酸序列的非随机核酸文库的方法，寡核苷酸被设计成包括靶元件和实用元件，实用元件包括位于内部靶序列侧翼的一对IIS型限制性酶识别序列，以及存在于寡核苷酸的5’末端和3’末端的一对扩增序列，将所期望的寡核苷酸组扩增至足够量，然后可以通过使用识别寡核苷酸的内部IIS型限制性酶序列的适当的IIS型限制性酶来切割，产生所期望的突出端，以允许随后组装寡核苷酸片段。权利要求1与其的区别特征为在所述突出端对所述多个粘性末端双链核酸片段进行退火的步骤。而上述区别特征在对比文件1、2和／或3中均存在技术启示。退一步讲，即使对比文件2的公开内容与权利要求1的技术方案从表述上还略有不同，但这些差别均在对比文件2或对比文件1中存在技术启示，或者属于本领域的公知常识。因此，基于对比文件2、或者基于对比文件2，进一步结合对比文件3和/或对比文件1，或者在上述证据组合的基础上，进一步结合公知常识，权利要求1不符合专利法第22条第3款有关创造性的规定。
从属权利要求2-6、9-20和22-30的附加技术特征或属于本领域的常规技术手段，或被对比文件2、对比文件3、对比文件4、对比文件1和/或属于本领域的公知常识，因此权利要求2-6、9-20和22-30也不符合专利法第22条第3款有关创造性的规定。
经形式审查合格，国家知识产权局于2019年03月18日受理了上述无效宣告请求并将无效宣告请求书及证据副本转给了专利权人，同时成立合议组对本案进行审查。
专利权人针对上述无效宣告请求于 2019年05 月06 日提交了意见陈述书和修改后的权利要求书，仅将授权权利要求书中的权利要求3中“所述多个钝末端双链核酸片段包含”修改为“提供所述多个钝末端双链核酸片段包括”，同时提交了以下反证：
反证1：陈蔚梅和吕俊宣，“限制性酶”，《遗传工程》，1983年04期，第67-75页；
反证2：邹国林，“II型限制性核酸内切酶的性质”，《生物学通报》，1985年10期,第26-28页；
反证3：http://www.molecularworkshop.com/data/endonucleases.htmal网页打印件及其中文译文，共19页；
反证4：https://sigmaaldrich.com／china-mainland／zh／technical-documents／articles／biology／restriction-enzymes.html网页打印件及其中文译文，共10页；
反证5：本专利的同族EP2748318B1授权公告文本及其权利要求书的中文译文；
反证6：本专利的同族AU2O123004O1B2授权公告文本及其权利要求书的中文译文。
专利权人认为：
（1）依据说明书第0008、0010、0011和0058段的记载可知“所述多个钝末端双链核酸片段各自包含位于5’末端和/或3’末端的通用引物结合位点”没有超出原申请文件记载的范围；根据说明书第0078段以及权利要求1中的“唯一地互补”可以确定“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”和“形成包含具有预定序列的靶核酸”的修改也符合专利法第33条的规定。
（2）本专利说明书第0066和0070段记载了使用限制性酶来产生突出端，反证1-4表明限制性酶及其识别位点、切割位点以及它们在分子克隆、基因操作、核酸处理中的使用是本领域的公知常识和本领域技术人员的普通技能，因此权利要求1得到说明书的支持，符合专利法第26条第4款的规定。相应的，其他权利要求也符合专利法第26条第4款的规定。
(3)本专利说明书第0062段明确记载了限制性位点可以存在于扩增序列的5’或3’末端，只要切割位点位于待去除的侧接序列和中心组序列之间。然而，正如本领域技术人员所知道的，引物结合位点可设计为包含或不包含在中心组装序列中并因此包含或不包含在靶核酸序列中。此外，组装片段的设计包括限制性结合位点的序列、使用的限制性酶、引物的序列及其是否为包含在限制性位点内或包含在组装序列内，这将决定切割位点和待去除的侧接序列的位置。鉴于本专利说明书的公开内容，本领域技术人员能够清楚地确定限制性酶切割位点和通用引物结合位点之间的关系。因此，权利要求1的上述技术特征清楚。粘性末端的身份确定组装所得核酸产物中各片段的排列顺序，为此需要设计粘性末端双链核酸片段的突出端使得各突出端仅唯一地结合相邻片段中的另一个突出端。如本专利的说明书中所述，例如，在“单链突出端”的部分中，生成这类突出端的方法之一是通过酶促消化（例如，使用限制性酶）。由此可知，权利要求1中“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”，不仅其本身含意清楚，并且，这一设计与酶消化之间的关联性也是清楚的。因此权利要求1-31的技术方案是清楚的，符合专利法第26条第4款的规定。
(4)对比文件1作为最接近的现有技术：对比文件1没有公开提供本专利权利要求1中所采用的多个钝末端双链核酸片段，所述多个钝末端双链核酸片段中的每个在两个末端上都具有限制性酶识别序列，所述多个钝末端双链核酸片段各自包含一个或两个末端上的通用结合位点。此外请求人是在按照本专利技术方案从对比文件1图2-5所示多个各自独立的技术方案中选取不同步骤的中间产物重组来拟合本专利的技术方案，这是创造性判断所不能允许的。对比文件1图5公开的是含引物钝末端双链片段经切割得到另一组钝末端双链片段，其图2-4各自描述不同的独立方法，本领域技术人员没有动机从对比文件1中各不相同的方法中挑选出个别步骤进行重组；对比文件3没有克服对比文件1的缺陷，且所述方法中的技术特征并不是本领域的公知常识，因此权利要求1具备创造性。相应的从属权利要求2-31也具备创造性。
（5）对比文件2作为最接近的现有技术：对比文件2公开的是组装可变核酸而不是预定核酸序列，也没有公开权利要求1的方法中的退火步骤，对比文件2图3A-3D是各自独立、各不相同的方法，不能从中选择个别步骤进行重组。对比文件3没有克服对比文件1的缺陷，且所述方法中的技术特征并不是本领域的公知常识，因此权利要求1具备创造性。相应的从属权利要求2-31也具备创造性。
国家知识产权局本案合议组于 2019年05 月10 日将上述专利权人的答复意见及其附件转送给请求人,并于同日向双方当事人发出了口头审理通知书，定于2019 年 06月 19日举行口头审理。
口头审理如期举行，双方当事人均委托代理人出席了本次口头审理。在口头审理过程中，双方当事人对合议组成员以及书记员无回避请求，对对方出庭人员的身份资格无异议。在口头审理过程中，合议组对请求人提出的无效宣告请求理由和事实逐一进行了调查，双方当事人充分陈述了各自的意见。口头审理中认定的事实如下：
（1）请求人当庭出示了盖有馆藏证明的证据4的原件，并提交了公知常识性证据（证据5：（《英汉生物化学及分子生物学词典》，谭晶莹、董志伟主编，科学出版社出版，2002年5月第三次印刷，封面、版权页、第274-275、468-469、862-863页）。专利权人认可证据1-5的真实性、公开性和关联性以及相应中文译文的准确性。
专利权人当庭出示了盖有馆藏证明的反证1和2的原件，以及涉及反证3和4的公证书，同时提交了反证1中引用的英文原文(反证7：盖有上海图书馆（上海科学技术情报研究所）红章的证明页、Molecular Cloning a laboratory manual，封面页、出版信息页，目录6页，第98-106页），并当庭表示反证5和6不作为证据使用，仅供合议组参考。请求人认可反证1、2的真实性、公开性和关联性及相关译文的准确性，认可公证书的真实性，但不认可反证3和4内容的真实性及公开性，且反证4也未记载公开时间。
（2）就专利权人于无效宣告程序中针对权利要求3的修改，专利权人认为，这一修改是对文字表述明显错误的修正，符合专利法第33条、实施细则第69条以及《专利审查指南》的相关规定。请求人强调，所述修改不属于明显错误的修正，不符合相关规定。本案合议组当庭告知双方当事人，根据相关《专利审查指南》第四部分第三章第4.6.2节的规定，专利权人可以修改由本领域普通技术人员能够识别出的明显错误，且修改后的内容必须是唯一确定的。本案中，由于本领域技术人员依据权利要求3的文字内容，完全能够理解其保护的技术方案，因此修改的相关内容并不属于本领域技术人员能够识别出的明显错误；同时，专利权人修改后的内容也并非唯一确定的，因此上述修改不属于《专利审查指南》规定的“明显错误的修正”，不应予以认可。因此当庭宣布本次无效宣告针对的文本是授权文本。
（3）双方确认的无效理由和范围为：权利要求1-31不符合专利法第33条的规定；权利要求1-12、15-31不符合专利法第26条第4款有关得不到说明书支持的规定；权利要求1-31不符合专利法第26条第4款有关清楚的规定；权利要求1-6、9-20和22-30不符合专利法第22条第3款有关创造性的规定，对比文件1或2作为最接近的现有技术。
（4）对权利要求1中“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”的含义，请求人认为除了两者完全互补的情形，还包括两者部分互补的情形，与原始申请文件的相应记载完全不同，因此修改超范围。专利权人则认为上述语句是指第一双链核酸片段的第一粘性末端与其要连接的相邻的双链核酸片段的第二粘性末端唯一地完全互补，但其可能包含了与其他粘性末端互补的区域，其含义与修改之前的语句完全相同。
专利权人于2019年6月24日提交了意见陈述书，再次重申了口头审理时陈述的意见，并强调本发明方法的优点之一是能够从头组装合成非常长的靶核酸序列，同时确保高保真度、低错误率，不依赖于分级组装以及与之关联的反复扩展、反复校验和反复排错。原权利要求1记载两突出端唯一互补，说明书第78段记载第一突出端与第二突出端完全互补，“设计……互补的区域”的修改没有扩大范围或引入新的内容，所述修改符合专利法第33条的规定。
请求人于2019年6月25日提交了意见陈述书，再次重申了口头审理时陈述的意见。对于“设计……互补的区域”的修改，请求人认为，在不完全匹配的情况下，只要两个突出端的连续互补碱基数量大于3bp即可结合，在权利要求1中没有限定突出端的碱基数量，在修改后的权利要求中包括了两个突出端的连续互补碱基的数量大于或等于4的情形，因此包括了在不完全互补情况下能够在一起的情形，即所述修改超范围。
至此，合议组认为本案事实已经清楚，可以作出审查决定。
二、决定的理由
1、关于审查文本
专利权人于2019年05月06日提交的权利要求书中将权利要求3中“所述多个钝末端双链核酸片段包含”修改为“提供所述多个钝末端双链核酸片段包括”。专利权人认为，所述的修改属于对明显错误的修正，理由是：（1）根据本专利摘要部分和说明书第0008段的记载可知，权利要求3所保护的方法中包含提供多个钝末端双链核酸片段的步骤，而非所述片段本身；（2）一般来说，“包含”限定的是结构或组成特征，而“包括”表述的是方法步骤特征，依据该权利要求中“释放……”和“使用……”两个步骤的信息，本领域技术人员可以确定“包含”应该为“包括”，因此原权利要求3在表述存在明显错误，且所述修改为唯一的正确修正方式。对此，合议组认为，（1）权利要求3引用了权利要求1，因此在确定权利要求3的保护范围时应考虑权利要求1中的全部技术特征。由于权利要求1中已明确限定“提供所述多个钝末端双链核酸片段”，且权利要求3中限定的“释放……”和“使用……”都是方法步骤，本领域技术人员由此并不会认为修改前的权利要求3中“所述多个钝末端双链核酸片段包含”语句之后“释放……；和使用……”的内容是对其中“多个钝末端双链核酸片段”的结构或者组成的限定，而能够理解该权利要求表达的含义是通过“释放在固体支持物上合成的多个寡核苷酸”和“使用基于聚合酶的反应合成所述多个寡核苷酸的互补链”从而获得所述的多个钝末端双链核酸片段，该权利要求所述语句并不存在明显错误。（2）如前所述，本领域技术人员可以清楚地理解“释放……”、“使用……”属于权利要求所述“提供所述多个钝末端双链核酸片段”方法中的两个步骤，在此基础上修改前后的“包含”和“包括”在此表示的意思是相同的，均可用于表示方法中含有具体操作步骤，针对“包含”的修改也不属于明显错误的修正。
综上，专利权人在无效宣告程序中对权利要求书进行的上述修改不属于《专利审查指南》第四部分第三章第4.6.2节规定的修改方式，不符合专利法实施细则第69条的规定。因此，本无效宣告请求审查决定以本专利授权公告的文本为审查基础。
2、关于修改超范围
专利法第33条规定，申请人可以对其专利申请文件进行修改，但是对发明和实用新型专利申请文件的修改不得超出原说明书和权利要求书记载的范围。
原始申请文件记载的范围包括本领域技术人员依据原说明书和权利要求书明确记载的信息，能够“直接地、毫无疑义地”确定的申请文件客观、准确表达的技术信息集合。如果修改后的技术方案超出了上述技术信息集合，则这种修改超出了原说明书和权利要求书记载的范围。
请求人认为，该专利在实质审查程序中将本案进入中国国家阶段时提交的PCT申请文件的中文译文的权利要求1（下称原权利要求1）中记载的“第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端与第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补”修改为“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”，扩大了权利要求的保护范围，导致权利要求1以及引用该权利要求的权利要求2-31均不符合专利法第33条的规定。专利权人认为，依据原权利要求1和说明书第78段的“组装的核酸片段被设计为具有重叠互补序列”的记载可知，修改后的“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”与修改之前的“第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端与第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补”表述的是相同的意思，即其包含的是其他粘性末端的互补序列。
对此，合议组认为，该修改是本案申请人在实质审查程序中即答复第一次审查意见通知书时主动作出的修改，且未具体说明修改依据。
首先，原说明书和权利要求书中都没有记载“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”的内容。
其次，权利要求1所述“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”采用了“包含”的用语，表明第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端不仅包含与第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一互补的区域，还可能包含其它的核苷酸残基。其中“包含”限定的是“第一个突出端”和“第二突出端”的关系，而不是与其它粘性末端的关系，因此并非专利权人主张的第一个突出端“包含其他粘性末端的互补序列”。
而原权利要求1中记载的是“第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端与第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补”，即“第一突出端”和“第二突出端”是唯一完全地互补关系；原说明书第0078段记载的是“在本发明的一些方面中，组装的核酸片段被设计为具有重叠互补序列……在一些实施方式中，组装了具有不同重叠互补单链粘性末端的多个核酸片段并且通过在每个片段上的粘性末端的身份确定他们在组装的核酸产物中的顺序”，此处描述的是组装的多个核酸片段的单链粘性末端的设计原理，即设计的重叠互补单链粘性末端决定多个核酸片段在组装的核酸产物中的顺序；且原说明书第0079段记载：“在某些实施方式中，相邻核酸片段之间的重叠互补区域设计(或选择)成有足够的差异来促进(例如，热力学上有利)核酸片段的唯一排列(例如，选定或设计的片段排列)。令人惊讶地，在合适的连接条件下，少至一个核苷酸的差异在完美匹配(100％互补粘性末端)和错配(低于100％的互补粘性末端) 之间产生足够的区分力。如此，4-碱基突出端能允许高至(4∧4 1)＝257个不同片段的高特异性和高保真连接。”可见，其强调了不同突出端要设计出差异，为的是促进核酸片段的唯一排列，即这里也强调了相邻要连接的两粘性末端之间完全互补的性质。由此根据原始申请文件的记载也不能直接、毫无疑义地确定“设计第一粘性末端双链核酸片段的第一突出端以包含第二粘性末端双链核酸片段的第二突出端唯一地互补的区域”。专利权人认为修改后的权利要求的含义与修改前的语句完全相同，但增加“包含……的区域”并非对明显错误的修改，两者完全相同无法解释其修改的出发点和动机。可见，权利要求1的修改不符合专利法第33条的规定。权利要求2-31直接或间接引用权利要求1，也未克服权利要求1的所述缺陷，因此也不符合专利法第33条的规定。
综上，权利要求1-31不符合专利法第33条的规定，应予以无效。合议组对其他的无效理由和相关证据不再予以评述。
基于以上事实和理由，合议组作出如下审查决定。
三、决定
宣告第201280051873.4号发明的权利要求1-31无效，在权利要求32的基础上继续维持该专利权有效。
当事人对本决定不服的，可以根据专利法第46条第2款的规定，自收到本决定之日起三个月内向北京知识产权法院起诉。根据该款的规定，一方当事人起诉后，另一方当事人作为第三人参加诉讼。
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